En los albores de la República se hizo manifiesta la polarización política en torno a la arquitectura del Estado. Mientras el Libertador Simón Bolívar defendió a capa y espada una estructura centralista, Francisco de Paula Santander tomó partido por el federalismo. No había término medio, así se gestaron dos corrientes ideológicas irreconciliables, los unos defendiendo el centralismo y los otros, en la orilla opuesta, defendiendo el federalismo. Entre estos últimos se destacó una de las figuras cimeras más descollantes de la afrocolombianidad, amigo y correligionario de Santander, Caribe él y que ocupó la Presidencia de la República, Juan José Nieto.
El Siglo XIX fue escenario de dos grandes tensiones, que provocaron una lucha feral entre dos fuerzas políticas contendientes: en política económica el proteccionismo vs el librecambismo y en cuanto a la gobernanza del país, el centralismo vs el federalismo. La década 1821 – 1831 llevó la impronta del centralismo bolivariano, la cual fue seguida por el regionalismo neogranadino entre los años 1832 – 1842, cuando tuvo lugar la guerra de los Supremos, para dar paso al más acendrado centralismo que se extiende hasta el año 1852. Huelga decir que el conservadurismo propendió y abogó por el proteccionismo y el centralismo hirsuto, mientras que el Radicalismo liberal asumióó la causa de librecambismo.
En 1853 se establece la Confederación granadina, que sirvió de piedra angular del régimen federal que se constituiría posteriormente, el 8 de mayo de 1863, cuando se promulgó la a nueva Constitución, aprobada el 3 de febrero del mismo año, de los Estados Unidos de Colombia por parte de la Convención de Rionegro, convocada y liderada por Tomás Cipriano de Mosquera.
Ya para entonces el Radicalismo liberal, bajo la Presidencia de Tomás Cipriano de Mosquera (1845- 1849), secundado por el Presidente José Hilario López (1849 – 1853), le habían desbrozado el camino al desmontar las caducas estructuras de la economía colonial, abrazando la causa del librecambismo. Como afirma el destacado economista del siglo XIX Aníbal Galindo, se trataba de “sacar al país del marasmo del centralismo y remover toda su actividad con el estímulo del gobierno propio”.
Es de destacar que, como lo acota el ex ministro Ocampo, “en términos fiscales el federalismo fue un éxito rotundo”. La disciplina fiscal fue la nota predominante durante el período durante el cual estuvo vigente el régimen federal, en el curso del cual las regiones alcanzaron a tener un gran empoderamiento.
Rafael Núñez, quien a mediados del siglo XIX había abrazado entusiasta la causa del Radicalismo liberal, se declaró partidario del federalismo, que él no dudó en considerar como “la tierra prometida”, pues “la historia administrativa de la nueva granada, casi desde su fundación, es la historia del desarrollo de los fueros seccionales, a despecho de la más obstinada resistencia del poder nivelador, o sea del centralismo” (1855).
Posteriormente, Rafael Núñez da un viraje de 180 grados, imbuido de las ideas del positivismo spenceriano en boga en Europa, en donde conoció y disfrutó los alamares de la diplomacia. A su regreso al país se aparta de las tesis del Radicalismo liberal, declarándose liberal independiente y con su lema “regeneración administrativa fundamental o catástrofe”, planteó que la regeneración “es la política del orden y la libertad, fundada en la justicia”. Así nació el regeneracionismo que fusionó ideológicamente el conservadurismo representado por Miguel Antonio Caro y el independentismo de Núñez.
Triunfal y triunfalista, en un discurso caracterizado por su sectarismo y beligerancia, investido como estaba como Presidente de la República, desde el balcón del Palacio presidencial, el 10 de septiembre de 1885, espetó en tono airado: “La Constitución de Rionegro ha dejado de existir, sus páginas manchadas han sido quemadas entre las llamas de la Humareda”. En efecto, la Constitución centenaria de 1886 vino a ocupar su lugar, la cual junto con la de 1863 y la de 1991 han sido las únicas tres cuya vigencia ha superado los veinte años.
Luego convocó una Asamblea Nacional Constituyente amañada y excluyente, para expedir una nueva Constitución política al alimón con el líder conservador Miguel Antonio Caro, dándole entierro de tercera a la Constitución de Rionegro. En la Constitución de 1886, al tiempo que se hizo tabla rasa de la anterior se entronizó la fórmula dicotómica de la “centralización política y la descentralización administrativa”. Pero, en la práctica, siempre tuvo más de centralización política que de descentralización administrativa.
Los estados soberanos de enantes fueron suprimidos, no sin antes despojarlos de lo que les pertenecía, expropiándolos sin fórmula de juicio de cuanto poseían.
Así quedó consagrado en el artículo 202 de la Carta: los bienes que pertenecían a los estados soberanos, ahora “pertenecen a la República de Colombia. Los bienes, rentas, valores, derechos y acciones que pertenecían a la Unión colombiana (léase estados soberanos) el 15 de abril de 1886, los baldíos, minas y salinas que pertenecían a los estados (soberanos), cuyo dominio recobra la Nación”. Este fue un duro y artero golpe asestado contra las regiones de Colombia.